牙根黑治疗方法的选择主要取决于引发的病因，牙根黑可能是牙菌斑以及牙结石堆积造成的，也可能是牙齿发生了龋坏，因此在治疗时需针对不同病因采取不同的治疗措施。
如果是牙菌斑以及牙结石造成的，可通过超声波洗牙改善，超声波洗牙主要是利用超声波的震动作用来清除牙菌斑以及牙结石。
如果是牙齿龋坏导致的，牙根只是发黑并未造成实质性的缺损，可通过药物治疗或者再矿化治疗改善，如果已经造成了实质性的缺损，通常需要将腐烂的组织清除后，进行充填修复。