肝棘球蚴病在术中，需要注意避免囊液外溢进入周围组织引起过敏。在临床上可先用穿刺针把部分囊液抽出，然后再注入10%的氯化钠溶液，等待杀灭头节后15分钟再切开外囊，将其完整全部取出。
也可以选择不穿刺囊肿，在内外囊间隙扩大分离面，然后再往气管内加压吹起，使肺膨胀，就可以将内囊完整逸出，然后剖离切除外囊壁，最后用细丝线缝合凝壁的细小支气管开口。
肝棘球蚴病在术后需要注意合理饮食，尽量多吃红色蔬菜，重点推荐西红柿、火龙果、胡萝卜等蔬菜水果，避免吃各种甜食、腌制食品。