胃肠功能紊乱一般情况下不可以自愈。
尤其是由肠易激综合征、肠道器质性病变等原因导致的肠道功能紊乱，需要经过积极治疗才可以达到治愈的目的。但是如果是由于肠道占位性病变导致的肠道功能紊乱，经过治疗后可以缓解症状，但不可以治愈。
患有肠道功能紊乱后需要进行肠镜、胃镜等项目检查排除器质性病变。排除器质性病变后，一般是由于情绪紧张、焦虑等精神因素导致的。治疗时需要根据病因、疾病类型等进行综合治疗，以免治疗效果不好，增加心理负担。