甲状腺发炎的病情不同，吃的药也不同。
急性甲状腺炎，包括急性病毒性甲状腺炎、急性细菌性甲状腺炎，主要是因为病原体感染引起。治疗上是以抗感染治疗为主，一般需要口服抗病毒的药物或抗生素药物治疗，例如抗病毒口服液、头孢菌素类抗生素药物等。
亚急性甲状腺炎引起明显疼痛时，可口服非甾体类的抗炎药，例如布洛芬，缓解患者的疼痛症状。另外，有可能需要在医生的指导下，口服糖皮质激素药物，例如泼尼松，在医生的指导下进行应用以及减量停用。
对于慢性甲状腺炎，如果甲状腺功能正常，定期随诊即可，暂时不需要口服药物治疗，但甲状腺功能减退，需要口服左甲状腺素片替代治疗。