新生儿衣原体感染的症状主要是结膜炎。当新生儿受到感染之后，大概5～14天的时候，就会出现眼睑的肿胀充血，伴有一些分泌物出现。
新生儿的衣原体感染还会出现肺部感染的情况，大概出生后1～3个月时候，出现咳嗽、鼻塞、气促，同时还会有发热的情况。当新生儿受到衣原体感染时候。会让鼻咽部出现有不同程度的感染。所以家长要格外的注重孩子的护理。
新生儿出现衣原体感染的症状，主要先有结膜炎的症状。家长最好带孩子去一些较大医院的眼科，儿科进行一些针对性的检查。并根据病情的情况给予一些治疗，要严密观察，可能会出现衣原体肺炎的情况。