对于比较轻微的肺脓肿药物治疗效果比较好。通常选择抗生素治疗，如青霉素，一般用药6~8周。如果X线胸片显示脓腔炎症消失，仅有少量残留纤维化，是停药指标，也是治愈标准。
通常首选的药物是青霉素，对于脆弱拟杆菌的肺脓肿，也可用林可霉素、克林霉素或甲硝唑治疗。如果药物治疗效果不佳时，可以选择体位性引流，将脓肿部位位于最高位，也可用纤维支气管镜冲洗吸引。
对于肺脓肿病程长如超过3个月，经药物治疗脓腔不缩小、不闭合，出现大咳血，有支气管胸膜瘘、脓胸、支气管阻塞等疾病时要及时行手术治疗，以免引起感染性休克、脓毒血症等严重并发症。