十二指肠溃疡需要长期口服抑酸药和保护黏膜的药物，常用的药物包括奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、铋剂、铝碳酸镁等。
如果十二指肠溃疡是幽门螺杆菌感染引起的，在治疗溃疡的同时，需要及时杀菌治疗，常用的方案是四联根除方案，与治疗十二指肠溃疡的药物有重合。比如质子泵抑制剂和铋剂，这两类药物在根除幽门螺杆菌治疗后，需要继续口服阿莫西林、呋喃唑酮、克拉霉素等消炎药。口服2周后可以停用，规范治疗后，建议及时复查电子胃镜以及碳13或碳14呼气试验，判断治疗效果。
如果电子胃镜显示溃疡没有愈合，需要适当地延长治疗疗程。