颅骨骨髓炎需要采取手术治疗。颅骨骨髓炎可以分为急性颅骨骨髓炎和慢性颅骨骨髓炎，治疗上除了给予抗感染治疗以及加强营养支持以外，最关键的是需要采取手术治疗。
首先，行感染区域局部的切开排脓、引流，清除头皮下脓肿，并根据X片以及头颅CT影像学表现，仔细清除游离的死骨，并铰去失活的颅骨至正常的骨质；对于颅骨骨髓炎伴有硬膜外及硬膜下脓肿、脑脓肿者，甚至需要开颅清除硬膜外、硬膜下及脑脓肿。
术后仍需给予抗感染、抗癫痫及营养支持治疗。