颅骨骨髓炎手术治疗要根据病程发展的阶段不同，而采取不同的手术治疗。
颅骨骨髓炎早期出现的颅骨外软组织脓肿，骨脓肿时要切开引流、清除脓液、切口填塞引流条、保持引流畅通、及时更换引流条、冲洗伤口。后出现颅骨坏死时，要彻底颅骨开窗清除死骨、冲洗、填塞引流条。
治疗过程中发现没有死骨形成和炎症时，植入自体骨填塞，逐层缝合颅骨外软组织。手术治疗颅骨骨髓炎都要在积极增加病人的治疗信心，加强病人营养，增强抵抗力，联合应用抗生素的基础上进行的。