得了肛窦炎可以吃广谱的抗生素或者抗厌氧菌的消炎药，临床上比较常用的有喹诺酮类消炎药，包括氧氟沙星、左氧氟沙星以及抗厌氧菌的消炎药如甲硝唑等。
肛窦炎在临床上分为急性肛窦炎和慢性肛窦炎，对于急性肛窦炎有可能会出现肛窦内化脓性感染，感染症状严重的患者需要口服消炎药抗感染治疗。对于慢性肛窦炎，一般不需要口服消炎药抗感染，以局部药物治疗为主，可以使用甲硝唑栓塞肛门控制局部感染症状。
另外，患者平时还应该注意清淡饮食，避免进食辛辣刺激性的食物，避免饮酒，保持排便通畅，防止便秘或者腹泻，以免加重肛窦炎的症状。