鳃裂囊肿和瘘管的有效治疗方法是手术切除。
在临床上一定需要严格把握手术指征。因为鳃裂囊肿位置特殊，病变结构复杂，需要做全身麻醉治疗，因此，建议在患儿1岁以后，进行手术。没有感染者的细小囊肿和瘘管，可在全麻下直接切除。
如果囊肿和瘘管有继发感染，建议抗生素控制感染后，再做择期手术，一般选择感染控制后2-3个月来进行手术。如果囊肿较大，压迫气道，以免造成手术困难，需要先行囊肿减压术，然后择期行囊肿和瘘管切除术。术中注意避免损伤面神经、喉上神经和喉返神经。该病若手术切除不彻底，极其易复发。