肺泡蛋白沉积症和尘肺的区别，主要在病因、病机以及治疗方面。
在病因、病机上，肺泡蛋白沉积症，主要是由于磷脂等各种肺泡表面的活性物质，沉积在肺泡腔导致的。主要是由于肺泡的清除功能发生障碍，或者是产生异常的表面活性物质。尘肺主要是吸入性粉尘导致肺部发生炎症反应，最终导致肺部组织在不断自我修复的过程中出现肺纤维化。
在治疗上，肺泡蛋白沉积症主要是用全肺灌洗的方法治疗。尘肺的治疗目前还没有特别有效的手段，主要是减轻症状，提高生活质量。