亚临床甲减能不能自愈，主要取决于引起亚临床甲减的病因是什么。
如果像亚急性甲状腺炎引起的功能异常，可以出现甲亢、甲减、甲状腺功能正常。亚临床甲减可能是整个病程中过渡的一部分，这种患者就有可能会自愈。
再有像桥本甲状腺炎的患者，也可以出现亚临床甲减，这种患者有可能会自愈，也有可能甲减会逐步地加重。
还有像甲亢碘131治疗以后出现的亚临床甲减，这类患者会从亚临床甲减逐步发展成甲减，因为很多碘131治疗后的患者，随着时间的延长，患者逐步会发展成永久性的甲减，这种疾病没有办法自愈。最后发展成甲减，需要给予补充甲状腺激素的药物治疗，而且是终身替代治疗。