子宫内膜异位症最常见的就是内膜异位到卵巢上，而引起卵巢巧克力囊肿，这时常常会出现进行性加重的痛经表现，而且还可能会导致继发性不孕。
如果子宫内膜是异位到腹壁切口，那这时就会在月经期，出现腹部切口的周期性疼痛，而在月经干净以后，疼痛也会自然缓解，同时在腹壁还会有明显的硬结出现，又称之为子宫内膜异位结节，一般都需要考虑行手术将异位结节切除。
对于大于5公分以上的卵巢巧克力囊肿，其保守治疗效果不佳，而且又会影响生育功能，所以多需要行腹腔镜手术切除。