子宫内膜异位症在临床上一般治疗的目的不是治好，而是针对子宫内膜异位症选择合适的治疗目的。
子宫内膜异位症造成的最大影响是，会产生严重的痛经和子宫内膜恶性病变的倾向，或者是子宫内膜出现了异位到，基层出现腺肌症的症状，导致痛经症状非常严重，月经量非常多，造成失血性休克的表现，因此对于子宫内膜异位症，是治疗改善症状为主要治疗目的。
还有一部分子宫内膜异位症叫做巧克力囊肿，会导致不孕的结局，针对这一部分子宫内膜异位症治疗，是达到怀孕的目的，而不是彻底将子宫内膜异位症治好。