导致肛周脓肿反复发作，有以下一些原因：
首先，对于经抗炎等保守治疗症状缓解的肛周脓肿患者，由于肛周脓肿有内口，内口与脓腔相连，即使通过抗炎治疗，使脓腔内的脓液吸收，周围组织炎性反应消退。但直肠内的感染物质，还是有可能会经内口进入原来的脓腔，而引发再次感染，导致复发。
其次，对于经手术治疗的肛周脓肿患者，如果患者单纯行肛周脓肿切开引流术，未将内口切开，所以会导致术后出现反复的感染流脓，演变成肛瘘而复发。如果行肛周脓肿一次性根治术的患者，术后出现复发，说明有内口遗漏处理。
再次，有些肛周脓肿患者的脓腔范围比较广，有可能呈马蹄状，手术时没有将各个脓腔之间的分隔打开，造成术后引流不畅而导致复发。