真菌性肠炎的患者需要吃一些抗真菌类、保护胃肠黏膜的药物等。另外，还需要根据患者所出现的症状选择合适的药物治疗。比如患有真菌性肠炎的患者如果存在菌群失调时，可以使用微生态制剂。目前常用的抗真菌类药物为制霉菌素片、克霉唑、氟康唑等，常用的微生态制剂包括双歧杆菌、乳酸杆菌等。
患有真菌性肠炎的患者在服用药物治疗时，要在医生面诊后根据具体症状、病情严重程度及年龄选择具体的药物类型及剂量。
患有真菌性肠炎的患者，不能够盲目地使用抗生素类药物，以免加重病情。