结肠的穿孔根据病情对症治疗，结肠内容物较硬，但细菌较多，穿孔后症状的发生可较晚，一般较严重。临床上主要处理原则包括防治休克、抗感染、纠正水电解质紊乱、手术治疗等。
临床上如发现肠穿孔的患者，常规需要禁饮食，部分患者可根据实际情况行胃肠减压。
药物治疗可使用第三代头孢菌素类抗生素抗感染，肠穿孔可造成消化吸收不良，患者常发生低钾、低钠等电解质紊乱表现。注意根据检查结果补充，病变较重的患者需行手术治疗，除少数裂口小、腹腔污染轻、全身情况良好的患者，可以考虑一期修补或一期切除吻合，大部分患者需要先采用肠造口术或肠外置术处理，待3～4周后患者情况好转时，再行关闭瘘口。