肺脓肿并不一定都要手术才能治好。肺脓肿的治疗原则，是早期选择敏感的抗感染药物治疗，配合痰液引流以及支持对症处理，绝大多数肺脓肿是能治好。
肺脓肿的治疗重点在于根据其药敏试验选择强有力的抗生素治疗，而且抗感染治疗的疗程一定要足，才能使肺脓肿更好的彻底治愈，一般疗程在8~12周，此时患者临床症状完全消失，胸片检查脓腔及炎性病灶消失，或仅遗留有少许的纤维病灶。
但对于肺脓肿病程超3个月，经内科治疗效果不佳者，感染不能控制或发生大咯血等情况时，才需要外科手术治疗。故肺脓肿治疗多是以抗感染药物治疗为主，只有少数患者才需要手术治疗。