食管结核的治疗要以抗结核治疗为基础，根据症状给予对症治疗。
发生食管结核的患者要给予正规的抗结核治疗，根据患者结核的特点选择合适的药物组合，联合用药增加抗结核药物的作用。食管结核还可以导致胃食管反流的症状，要给予抑制胃酸的药物治疗，减轻胃酸对于食管的破坏，与促进胃动力的药物治疗，减少胃内容物反流的量，促进食管功能的恢复。
食管结核可以导致严重的食管狭窄，可以对患者的食管进行扩张的治疗，治疗效果较差的还可以进行手术治疗。