黄体酮的副作用主要就是孕激素的副作用，比如有可能会有肝肾功能损害。长时间比较大剂量的应用，也有的人会影响到乳腺的问题。
或者偶尔有的人也会有血栓方面的问题，会导致各脏器机能间接的受到影响，导致功能障碍。但是，黄体酮相对是一个天然的孕激素，副作用发生的几率不会太大，大多也不会严重。
所以，该用的人群在必要时也是要用的，比如试管婴儿的孕妇，常规都要用比较长时间的黄体酮做保胎治疗。必要时，也是可以用于女性催经治疗的。