黄体酮针是属于天然的孕激素，在怀孕早期注射黄体酮针，大多数孕妇是没有副作用出现的，但是也有的孕妇偶见会有恶心、头晕、头痛、倦怠感等症状，也有的会出现荨麻疹等过敏反应。
由于黄体酮属于孕激素，所以注射后有的孕妇也会有乳房肿胀、体重增加、浮肿等的症状出现，极少数孕妇会出现肝功能异常等副作用。
另外，注射黄体酮针后，注射部位可能会有皮疹、瘙痒、疼痛、刺激、红肿等刺激症状，也有的会形成局部硬结，严重者可发生局部无菌脓肿，也有极少数报道有人工性脂膜炎的病例。尽量避免长期、大剂量应用黄体酮针，以免加重副作用的出现。