包皮手术的适应证没有掌握好，手术没做好或者患者有基础疾病术前没控制好，包皮手术后可能会有后遗症。
隐匿性阴茎，阴茎体大部分埋藏在脂肪内，这种情况不适合单纯做包皮环切手术，而是需要做整形手术。如果单纯做包皮环切手术，今后阴茎由于包皮过短就永远埋藏在脂肪内，阴茎勃起后会出现疼痛，影响今后性生活。手术中包皮切除过多，也会影响阴茎勃起，勃起时会出现疼痛。
慢性包皮龟头炎或者患有严重的糖尿病，术前这些疾病没控制好，匆忙行包皮环切手术，术后可能会出现感染，伤口愈合不佳，今后出现瘢痕。手术中止血不彻底，术后会出现血肿、大出血等。有些人术后可能会出现顽固性淋巴水肿，水肿无法自行消除，可能会出现包皮象皮肿，需要二次手术切除。