双肾都有小结石可能为以下原因所引起：
如果患者体内的代谢因素出现异常，就有可能会形成相应的结石，比如尿酸代谢出现异常，就容易形成尿酸结石，草酸代谢出现异常，容易形成草酸钙结石。
如果本身患有甲状旁腺功能亢进疾病，可能会导致血钙升高，会导致双侧肾脏出现一些微小结石，如果长期存在一些梗阻性疾病，比如尿道狭窄、前列腺增生、神经源性膀胱等，也会使双肾内出现小结石。
因此，经常出现双肾小结石的患者应查明病因，然后进行针对性的治疗和调理。