跑步腰疼可能存在以下几种原因：
1.肌肉组织痉挛。在跑步的时候出现腰疼，可能是由于肌肉组织长时间受累引起痉挛，从而出现腰疼的症状。建议在跑步一段时间后，要停下来注意休息一会，不要过于剧烈运动，以免导致腰肌损伤。期间若休息仍不能使腰疼缓解，应尽早就医。
2.输尿管结石。跑步时出现腰疼还有可能是存在结石引起，由于体位的改变，结石可以从肾脏沿着输尿管之间进行活动。若结石比较大，通过不了输尿管时就会被卡住在输尿管中，在进行跑步时就容易损伤输尿管引起疼痛感。可以去医院做个输尿管B超，进一步明确诊断。