治疗假膜性肠炎可以口服抗艰难梭状芽胞杆菌药物、万古霉素、甲硝唑等药物。同时服用补充有益菌的益生菌制剂，比如双歧杆菌、乳酸菌等。
病因治疗相当重要，临床上要减少抗生素滥用，对大量使用广谱抗生素药的患者，严密观察消化道的变化。治疗假膜性肠炎的目标是消除细菌，或者减弱细菌毒素的作用，培植肠道正常菌群，改善腹部消化道及全身的症状。
平时多吃具有保护胃肠粘膜的食物和富含膳食纤维类的食物，如牛奶、柠檬、冬瓜等，尽量不要吃辣椒、花椒、猪油、奶油等辛辣刺激的食物。保持饮食清淡，有利于身体恢复。