抗生素类的药物有很多种，而且不同种类的抗生素，也都有各自的一些副作用。但是大部分的抗生素药物，比较常见的副作用是易引起消化道的不适症状，比如出现食欲不振、反胃、恶心、腹泻、腹痛等。
而且多数的抗生素药物使用后要经肝脏、肾脏分解代谢，所以抗生素类的药物副作用，还有可能导致肝肾功能的损害。特别是一些特殊群体用药，比如肝肾功能不全、婴幼儿童，还有老年患者，在使用抗生素药物时更需要格外注意。
有些抗生素药物，比如青霉素类、头孢菌素类，易引起过敏反应，严重情况可导致过敏性休克。还有些抗生素的副作用可以引起血液系统的损害，比如白细胞、中性粒细胞，以及血小板的减少等。