抗生素在治疗肺脓肿的过程中一般不会产生副作用。但如果使用四环素类的抗生素，会有一定的后遗症产生。目前治疗肺脓肿主要还是通过头孢类抗生素来进行消炎治疗，所以在整个抗生素治疗过程中，由于这类药物的肾毒性和肝毒性较低，所以一般不会有副作用产生。
在过去使用四环素类抗生素来缓解肺脓肿，则有可能产生副作用，特别是在骨骼发育中会造成骨沉积。在缓解肺脓肿的过程中，利用大环内酯类抗菌药物，也有可能增加体内正常寄居菌混乱的可能。
所以虽然一般治疗肺脓肿中是不会有任何副作用的，但一旦使用特定的抗生素，则有可能造成后遗症。