黄连大苦大寒，过量久服会导致损伤脾胃，因此脾胃虚寒患者忌用。另外，黄连苦燥容易损伤阴津，因此阴虚津伤的患者应慎用。
黄连属于中药清热药的一种，其药性苦寒，具有清热燥湿、泄火解毒的功效。临床上常用于治疗中焦脾胃实火、大肠湿热以及湿热痢疾等。
黄连尤其善清心火，对于心热盛所导致的多种疾病具有良好的治疗效果，比如高热、烦躁、神昏谵语、失眠、心悸等。
黄连也善于清热、泻火、解毒，治疗邪火内炽所导致的吐血、吞酸、消渴、胃火、牙痛，以及各种疮疡肿毒、目赤肿痛、口舌生疮、湿疹、耳道流脓等症状都有良好的治疗效果。