盲肠癌常用的化疗方案与其它部位结直肠癌的化疗方案是一样的，有FOLFOX方案﹑FOLFOX-4方案、XELOX方案、FOLFIRI方案以及FOLFOXIRI方案，基础药物为氟尿嘧啶及其衍生物如卡培它滨片，另外还有奥沙利铂、伊立替康等，上述方案就是这几种药的互相结合。还可以根据KRAS基因突变状态增加合适的抗血管生成药物，如贝伐珠单抗、西妥昔单抗等。
化疗在盲肠癌的治疗当中占有很重要的地位，如对于可切除的中晚期盲肠癌，手术切除后通常需要根据肿瘤侵犯和浸润程度进行相应的辅助治疗，包括辅助化疗。
对于初治或复治的复发转移性盲肠癌，系统性化疗是其首选治疗手段，并且需根据基因突变状态酌情加入靶向治疗药物。