小肠瘘是可以治愈的，但是治疗的过程比较复杂。
首先需要详细、准确的病情评估，包括瘘口位置、瘘口大小，是单发瘘还是多发瘘，小肠瘘是否得到充分引流，腹腔的感染是否得到控制，是否有充分的营养支持，当这些问题得到明确后，就可以通过手术的方法将其治愈。
治愈后，有的会出现后遗症，像常见的由于损伤而出现的肠粘连，这些情况避免就是尽可能的做完手术之后早去活动，还有就是并发慢性的腹泻。虽然已经恢复了，但是由于炎症长期的刺激，已经使肠道出现了变化，容易出现痊愈后的便秘与腹泻。