会厌囊肿有可能会影响到患者正常的吞咽功能，但是具体是否会有此类影响，还需要根据会厌囊肿的大小来判断。
如果会厌囊肿的个体本身并不大，没有导致吞咽的通道完全堵塞或者是狭窄，对吞咽功能的影响程度就比较小。
但如果会厌囊肿的体积比较大，已经导致了吞咽食道，以及咽喉道的狭窄或堵塞，就会明显影响正常的吞咽功能。表现为患者在吞咽食物的时候，出现一定程度的梗阻感、异物感，且食物可能会难以下咽，长时间堆积在会厌囊肿的部位。