治疗腘窝囊肿目前没有特殊的偏方，儿童与成人的腘窝囊肿有一定差别，同时治疗方法也就有所不同。
儿童腘窝囊肿常常不与关节腔相通，极少合并关节内的病变，一般可以自愈，不需要特殊处理；成人常伴有关节内病变，手术切除囊肿的同时要治疗关节内病变，否则易复发。
原则上腘窝囊肿均应切除，术前行关节镜检查，大部分可用后内侧切口或后侧切口，术后行直腿抬高及股四头肌练习，无症状的不需治疗，也可穿刺抽液，局部注射，效果较好，建议及时至正规医院就诊。