脑囊虫病主要是通过以下几种途径感染的：
一种为内在自身的感染，由于绦虫病的患者肠道发生逆蠕动或者是呕吐，这种情况下容易使绦虫的妊娠节片向胃部回流而感染，最终形成脑囊虫病。一种为外源性自身的感染，比如绦虫病的患者，手部无意间接触了绦虫卵，就很有可能会经口感染诱发脑囊虫病。
还有一种为外源异体感染这类人群本身并不存在绦虫病，是因为吃了没煮熟的且感染了绦虫的肉类食物，或者是遭受绦虫污染的蔬菜、水果等食物，而感染了脑囊虫病。