做无痛肠镜检查的时间并不长。检查顺利的情况下，可以在15分钟之内完成检查，即使加上无痛麻醉的时间，一般检查也不会超过半小时。
肠镜准备好以后，麻醉师会通过静脉向患者体内注入麻醉药物，药物注入后患者会立即进入睡眠状态，就可以开始检查，需要先将肠镜送入患者的盲肠或者末端回肠，到达大肠最底端后开始退镜，在退镜的过程中仔细观察，镜身完全退出后就完成了肠镜的检查。
但如果在无痛肠镜检查的过程中发现局部有病变需要进行治疗时，检查时间就会延长，具体时间长短和治疗方法直接相关。