黄疸的发病原因以及是否对机体有损害，可以分为生理性黄疸和病理性黄疸。生理性黄疸无特殊处理，病理性黄疸由于多种病理因素引起来的，超出正常范围内的黄疸，所以要积极寻找病因并干预，避免对机体的进一步损害。
引起病理性黄疸的原因可以分为胆红素生成过多、代谢障碍以及胆汁的排泄障碍。胎儿宫内缺氧、新生儿溶血、肠道蠕动减慢引起的肠肝循环增加等，都是最常见的胆红素增多因素。各种炎症感染以及药物、先天性甲状腺功能低下等疾病，会影响到胆红素的代谢，引起黄疸值高出正常范围或者黄疸值增高的程度要快。
先天性胆道发育闭锁等疾病会影响胆汁的排泄，引起黄疸程度重，需要在退黄基础上手术治疗。