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新生儿黄疸高，主要和新生儿的胆红素代谢的特点有关。因为新生儿在宫内处在相对缺氧的状态，需要产生大量的红细胞携带氧气。在出生时，缺氧的环境得到改善，留存的大量的红细胞会导致胆红素的水平增高。另外，新生儿的肝脏处理胆红素的能力也不足，主要是由于肝脏内酶的活性不足，导致代谢胆红素的能力差。并且肠道重吸收胆红素的能力强，进而会导致生理性的黄疸。病理性的黄疸主要是胆汁排泄障碍，以及新生儿败血症、新生儿溶血性贫血、感染综合征、先天性胆道闭锁等问题，会引起新生儿黄疸高。
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