胃肠道功能紊乱可能会自愈。胃肠道功能紊乱本身没有器质性改变，如果部分患者调整好自身的状态，同时调整饮食结构，胃肠道功能紊乱相关的症状可能会消失。
但是大部分患者常常需要用药缓解，主要是对症用药。如果患者腹痛比较明显，可以先用一些抑制胃酸分泌的药物和保护胃黏膜的药物。同时可以用一些中成药，比如荜铃胃痛颗粒。
如果这些药物效果不好，可以用一些调节胃肠功能的药物，比如匹维溴铵。如果这种药物也没有明显效果，接下来可以选择抗焦虑、抑郁的药物，比如帕罗西汀、阿米替林、奥氮平等。可以暂时用一段时间这类药，等患者症状缓解后可以逐渐减药，然后停药。