慢性腹泻的药物治疗需要根据病因来决定：
1.功能性胃肠病所致的慢性腹泻，可以口服肠道益生菌、胃肠动力药，有焦虑状态的病人还可以应用抗焦虑的药物。
2.炎症性肠病所致的慢性腹泻，应该使用氨基水杨酸类药物，如美沙拉嗪、柳氮磺胺吡啶等。中重度的病人还可以应用糖皮质激素和免疫抑制剂。
3.结核感染所致的慢性腹泻，需要应用抗痨药物治疗。
4.其他病毒、细菌、阿米巴等造成的慢性感染所致的腹泻，可根据病原微生物选择抗病毒药物、敏感抗生素治疗。
5.慢性胰腺炎所致的慢性腹泻，需要口服胰酶制剂改善症状。
6.神经内分泌肿瘤所致的腹泻，可能需要手术治疗。
有慢性腹泻的病人最好到医院进行详细检查，必要时要做结肠镜、腹部CT等检查，明确病因后再对症治疗。