重症肌无力和眼肌型营养不良的不同主要有以下几点：
1.重症肌无力发病的症状一般是从眼部开始，表现为复视、眼睑下垂等，而且还会慢慢的向四肢发展，会出现呼吸肌肌力下降、构音以及吞咽困难等症状；眼肌型营养不良其发病部位主要涉及眼部和舌咽肌，并不会向四肢发展，会出现眼外肌麻痹和腱反射消失。
2.先天性重症肌无力可遗传，但是患病几率较低，大部分为后天性的重症肌无力；眼肌型营养不良是一种遗传病，不能治愈，多在婴幼儿或者儿童时期发病。