肠瘘手术后的并发症预防，包括患者自身的预防，以及手术医生术中操作的预防。
肠瘘手术术后的患者首先应加强自身的术后活动，因为肠瘘会引起腹腔感染，而腹腔感染会增加术后肠粘连发生的概率，所以术后患者早期无法下床活动时，应在床上多翻身，可以下床活动应多活动，促进肠道蠕动以及肛门排气，也可以防止术后麻痹性肠梗阻导致的腹胀等。其次，很多术后患者需要卧床一段时间，而卧床时间久了有可能会导致肺部感染以及深静脉血栓等等相关疾病，所以术后患者如果有咳嗽、咳痰，应尽量将痰咳出，防止肺部感染，还应该在床上多活动下肢，防止静脉血栓。
手术医生在手术中的操作也非常关键，术中需要彻底的清洗腹腔，仔细修补瘘口或者直接做近端肠道造口，合理的放置引流管，加强术后引流等。