真菌性肠炎在治疗的时候需要先袪除诱发因素。如果患者长时间使用广谱抗生素类药物和激素类药物需要停用，然后针对病原菌进行抗真菌治疗。另外，还需要对原发性疾病和一些慢性基础性疾病进行针对性的治疗。
对于单纯的患有真菌性肠炎的患者，多需要使用抗真菌类药物，比如制霉菌素片、氟康唑等。如果患者存在菌群失调情况时，还需要加用益生菌。
真菌性肠炎的患者一般经过药物治疗多可以治愈，但是有些患者感染症状比较严重，而且有瘘管发生时还需要进行手术。