肛裂手术打麻醉一般是在腰椎注射。肛裂的麻醉方式多采用硬脊膜外麻醉和椎管麻醉，其注射的部位多是腰椎第3-4椎间或者腰椎4-5椎间。采取持续供给药物，使麻醉效果持续有效，能随手术时间来制定麻醉时间。
还有的轻症，早期的肛裂患者也可以在肛门注射麻醉，不过其麻醉时患者较为痛苦，同时麻醉效果不佳，不能阻断肛门括约肌，术中患者因为感触到医师的动作，不由自主的收缩肛门影响手术进程，一般不采用。
还有的高龄、体质脆弱、基础病较多患者也可以采用全身麻醉。