偏头痛和三叉神经痛的区别，主要在于发作疼痛的感觉以及症状。偏头痛是反复发作的搏动性头痛，多呈单侧疼痛，常常伴有恶心、呕吐，少数病人在发作前有视觉、感觉和运动障碍等先兆，偏头痛部分病人可有家族史。
三叉神经痛是在三叉神经分布区内反复发作的阵发性、短暂剧烈疼痛，而不伴有三叉神经功能破坏的症状，三叉神经痛是突然发生的剧烈疼痛，但严格限于三叉神经感觉分布区内。
三叉神经痛没有先兆，突然发生突然停止，每次发作仅数秒到一两分钟，在间歇期一切表现正常，发作呈周期性，持续数周或更长，可自行缓解。