感染尼帕病毒之后，有的会无症状，具体临床表现轻重不一。
人类在感染此病毒之后，有的可能只表现为病毒感染症状，与其他病毒感染类似，尤其与流感病毒感染有相似的症状，比如会出现发热、全身肌肉酸痛、关节酸痛、头痛、恶心、咽喉痛等，有的不会出现明显的临床症状以及体征。
而有的患者由于不同的并发症，会有不一样的临床症状，比如并发脑炎时，可能会引起恶心、呕吐、意识混乱或昏迷。有的出现严重呼吸道感染，主要表现在咳嗽、胸闷或呼吸窘迫，甚至是呼吸功能衰竭。