感染尼帕病毒后的症状是否明显，与患者所处病程阶段有关。
尼帕病毒感染常分为潜伏期以及急性感染两个阶段。如果尼帕病毒感染患者目前正处于潜伏期，则患者与一般人群没有明显差异，缺乏明显的临床症状进行诊断。
如果患者已渡过尼帕病毒感染潜伏期，可以在短时间内出现类流感样症状，并迅速出现病毒性脑炎相关症状，属于较明显症状，但是由于尼帕病毒感染性脑炎缺乏特异性体征，并不能单纯以临床症状进行明确诊断，还需要结合患者的流行病学调查情况以及病毒分离工作进行协助诊断。