肛瘘形成脓肿会引起疼痛，肛瘘形成脓肿也会表现为类似肛周脓肿的临床症状，会导致患者局部出现剧烈的疼痛症状，局部组织也会出现严重的炎性水肿。
肛瘘形成脓肿多数是在瘘管内，是因为外口引流不通畅，脓液积存于瘘管内所形成的脓肿，也有可能是瘘管内的感染，波及瘘管周围的肛管直肠周围间隙引发的脓肿。
肛瘘形成的脓肿治疗原则也是切开引流，可以将肛瘘外口切开，使瘘管内的脓液引流出来，也可以直接行手术将肛瘘瘘管以及内口完全切开，彻底治愈肛瘘。