卵巢囊肿的治疗方案，要根据患者的年龄、临床症状和囊肿的类型、大小来制定治疗方案。
如果患者的囊肿较小，可以定期做超声检查，检测囊肿的体积是否发生变化和消失。如果囊肿的体积直径大于5cm时，一般需要手术治疗，手术方式主要有开腹手术和腹腔镜手术，腹腔镜手术适用于比较小的囊肿。
如果伴有痛经及性交痛，或盆腔有触痛性结节，也要考虑子宫内膜异位囊肿，多数轻症患者的囊肿会自行消失。但是，严重者不及时治疗，也会引起其他并发症。