多发腔隙性脑梗主要是应用抗血小板聚集的药物进行治疗。常用药物主要有阿司匹林，通过长期服用该药有利于防止血小板产生聚集，使血液黏滞性降低，在一定程度上预防新的梗死灶发生。
也可配合服用活血化瘀以及改善微循环的药物，比如长春西汀、依达拉奉等。还需要应用他汀类的降脂药物，控制血脂处于正常的水平，防止血脂升高而引起脑梗复发。
另外，还需要针对原发疾病进行控制，比如控制血糖、血压以及血脂处于正常的范围内，都有利于缓解临床症状，防止再次诱发脑梗。在治疗期间应注意做到低糖、低脂以及低盐饮食。