心房颤动是会影响其它器官功能的。心房颤动除了对心脏本身的影响以外，最主要的是因为血栓栓塞性疾病造成的脑血管疾病，可以发生脑栓塞，也可以发生肺栓塞、肠系膜动脉栓塞、脾栓塞及下肢动脉栓塞等各种栓塞性疾病，也就是对人体的其它器官功能产生了一定的影响。
所以，房颤的治疗一是要进行复律治疗，二是对永久性房颤的患者要加强抗血小板及抗凝、调脂治疗，就是为了避免发生血栓栓塞性疾病。
而房颤本身对心脏的影响是可以诱发心绞痛和急性心肌梗死的发作，可以诱发或加重心力衰竭的发作。